小学6年级时的一天，进藤光在爷爷家中偶然翻出一个旧棋盘。就在他接触棋盘的一瞬间，附身于棋盘中的平安时代的天才棋士——藤原佐为的灵魂进入了小光体内。佐为热爱围棋如同生命，小光受到他的熏陶，又结识了棋坛名人之子——天才少年塔矢亮，渐渐对围棋产生了兴趣。
小光终于和塔矢亮一样，踏入了职业棋手的竞技舞台，他的实力在比赛中稳步增强。就在此时，年轻棋手们得知，北斗通信公司即将主办日中韩3国18岁以下职业棋手参加的国际棋赛，大赛名为[北斗杯]。经过一场激烈的选拔赛，小光、塔矢亮、社清春成为了日本队的队员。
中国、韩国的参赛队员也相继决定，各国都派出实力雄厚的选手。在院生时代曾经败在小光手下的洪秀英此次也成为了韩国队的一员。
小光听说韩国队的主将高永夏在接受采访时出言侮辱本因坊秀策，心中十分气愤，迫切希望担任主将与高永夏一决胜负。但是团长仓田决定由塔矢亮担任主将，小光与社清春分别担任副将和末将。三位年轻的日本队代表，终于踏上首届少年国际棋赛[北斗杯]的舞台1！
